После почти двадцатилетнего перерыва самолеты авиакомпании «Уганда» вновь поднялись в небо. Авиакомпания также смогла восстановить звание национального перевозчика.
В 2001 году работа авиакомпании была приостановлена из-за финансовых проблем, которые продолжались более десяти лет. Тем не менее, спустя 18 лет вновь сертифицированная авиакомпания успешно возобновила свою деятельность, имея во флоте два самолета марки Bombardier CRJ900.
Первый после долгого перерыва рейс был осуществлен из Энтеббе в Найроби. Представители авиакомпании сообщают, что в ближайшем будущем «Уганда» будет осуществлять перелеты на своих региональных самолетах в Дар-эс-Салам в Танзании, Могадишо в Сомали и Джубу в Южном Судане. Позже планируется расширить географию региональных полетов.
Кроме того, авиакомпания оформила заказ на поставку двух широкофюзеляжных самолета Airbus A330-800. Вероятнее всего, эти широкофюзеляжные самолеты будут эксплуатироваться на более дальних направлениях.